獎學金以學習券或現金 形式發放；如以學習券形式發放，學生可用學習券支付學費、書簿費、公開考試費，以及學校各項學習活動、課外活動、遊學活動的費用。學習券可累積使用至該學生畢業為止。

孔佩珍獎學金

由基金助學組按「超限學習獎學金」和「課外活動資助」之標準，獎勵賽馬會萬鈞毅智書院的學生。

容麗珍獎學金

頒予該年考獲香港中學文憑試最佳成績，而能入讀本地認可全日制學士學位課程的一位同學 （校內操行等級須至少達B級）。

頒予曾經歷困難條件，但自身仍努力奮鬥，並憑香港中學文憑試成績而能入讀本地認可全日 制學士學位課程的一位同學（校內操行等級須至少達B級）。 每人獲獎勵金額為港幣5,000元。

超限教育獎學金

1. 資助家境貧困的學生參與學習活動、課外活動、遊學及才藝活動。 每年基金資助上限為例8,000(經基金審批小組批核，每名學生可獲$500至上1,000之獎學金)。

2. 另設聯校遊學專項資助。每年每校有不多於20,000元的獎學金，特別資助學生在境外遊學。 另外，學校可運用$8,000資助校本遊學活動。

升讀「國內、台灣及澳門」大學獎學金

各校分別推薦兩名前往國內、台灣或澳門升讀大學之同學。每人獲獎勵金額為港幣5,000元

「天水圍的孩子」獎勵計劃

居住於天水圍，就讀於天水圍、元朗小學的四至六年級學生，經學校推薦。名額 25 名，每名獲獎 同學獲獎 2,000元。